Trường Tiểu học Phúc Lợi tiền thân là Trường cấp 1,2 Hội Xá được thành lập từ năm 1961. Khi đó, trường chỉ có 9 thầy cô giáo với hơn 70 học sinh. Các lớp học chủ yếu học ở đình chùa. Đến năm 1963, trường được xây dựng thêm 10 phòng học cấp 4. Năm 1991, trường được tách ra từ trường Phổ thông cơ sở Phúc Lợi theo quyết định số 48/QĐ-UBND ngày 11/12/1991 của UBND Huyện Gia Lâm. Hơn 50 năm xây dựng và trưởng thành, trường đã nhiều lần sát nhập và chia tách, nhưng vẫn luôn phát huy sức mạnh của bề dày truyền thống. Đặc biệt trong những năm gần đây, được sự quan tâm của UBND quận Long Biên, phòng GD&ĐT Long Biên, của UBND phường Phúc Lợi, Trường Tiểu học Phúc Lợi không ngừng phát triển về quy mô trường lớp, số lượng học sinh, đội ngũ giáo viên, nhất là cơ sở vật chất không ngừng được UBND quận đầu tư đã làm thay đổi bộ mặt cảnh quan của trường. Trường được xây lại năm 2012 tại tổ 5, Phường Phúc Lợi. Từ năm học 2013- 2014, thầy trò Trường TH Phúc Lợi đã được dạy và học trong một ngôi trường to đẹp, bề thế trên diện tích khuôn viên gần 20 000m2 với 68 phòng gồm các phòng học, phòng chức năng với đầy đủ các trang thiết bị hiện đại phục vụ công tác dạy và học.
Theo dòng chảy của thời gian, Trường Tiểu học Phúc Lợi luôn bồi đắp thêm cho mình những mạch nguồn mới trên cơ sở phát huy những truyền thống cao đẹp vốn có. Đội ngũ giáo viên đủ về số lượng và cơ cấu. 100% cán bộ giáo viên, nhân viên có trình độ đạt chuẩn và trên chuẩn trong đó trên chuẩn chiếm 96,3%. Chất lượng giáo dục đại trà và chất lượng học sinh mũi nhọn có nhiều chuyển biến rõ nét. Ghi nhận sự phấn đấu của nhà trường, ngày 17/12/2014, UBND thành phố Hà Nội đã ban hành quyết định công nhận Trường Tiểu học Phúc Lợi đạt chuẩn Quốc gia mức độ 1.
Năm học 2017- 2018 của nhà trường đã kết thúc thắng lợi. Tỉ lệ học sinh được khen của trường đạt 98% (HS đươc khen HT khen xuất sắc: 27,8%; khen vượt trội: 70,2%). Trường có 13 học sinh đạt giải các cấp về văn hóa (cấp quận: 01 giải khuyến khích; Cấp Quốc tế: 12 giải ( Toán kangaroo đạt 1 giải thưởng top 5%, 1 giải thưởng top 10%; Olympic Toán Quốc tế Singapore và Châu Á- SASMO 2018 đạt 10 giải: 1 Huy chương vàng, 4 Huy chương bạc, 5 Huy chương đồng). Bên cạnh những thành tích về mặt học tập, phong trào văn nghệ, thể dục thể thao của học sinh cũng gặt hái nhiều thành công với 9 giải Hội khỏe Phù Đổng các cấp (cấp quận: 1 giải nhất; cấp thành phố: 4 HCV, 1 HCB, 3 HCĐ). Giải ba hội thi tuyên truyền Long Biên xanh- sạch- đẹp.
Bên cạnh sự nỗ lực của các em HS là sự cống hiến không mệt mỏi của các thầy cô giáo. Vì vậy trong năm vừa qua, trường có 31 GVG cấp trường, 1 GVG cấp quận. Thi CNTT cấp quận 2 giáo viên đạt 1 giải nhì, 1 giải ba. 1 tổng phụ trách giỏi, 5 cán bộ,giáo viên đạt danh hiệu Chiến sĩ thi đua cấp cơ sở.
Với sự nỗ lực của cả thầy và trò nhà trường, Trường Tiểu học Phúc Lợi được công nhận là Tập thể Lao động tiên tiến cấp quận, Trường tiên tiến về TDTT, Chi bộ trong sạch vững mạnh, Liên đội mạnh cấp quận.
Năm học 2018-2019 nhà trường tiếp tục gặt hái được nhiều thành tích với 1 giải nhì, 2 giải ba Hội khỏe Phù đổng cấp quận; 1 huy chương vàng, 1 huy chương đồng Hội khỏe Phù Đổng cấp thành phố; 1 giải ba, 1 giải khuyến khích Olympic Tiếng Anh cấp quận; 2 giải khuyến khích Tin học trẻ không chuyên cấp quận. Cấp quốc tế: 27 giải (SASMO: 3 HCV, 8 HCB, 11 HCĐ; Kangaroo: 1 giải thưởng Distinction, 1 giải thưởng top 5%, 3 giải thưởng top 10%). 2 giải văn nghệ cấp quận (1 giải ba, 1 giải nhì). Vẽ tranh đạt 1 giải nhì cấp quận, 1 giải ba cấp quốc gia.
Bên cạnh thành tích của các em học sinh, tập thể giáo viên nhà trường cũng có nhiều thành tích trong các cuộc thi: 2 giáo viên giỏi cấp quận trong đó có 1 giải nhì. 1 giải nhì cuộc thi giải bóng bàn quận Long Biên 2019, 1 giải ba bóng bàn Ngày hội văn hóa thể thao quận Long Biên 2019.
Kết thúc năm học 2018- 2019, trường đạt trường tiên tiến về TDTT cấp thành phố, Tập thể Lao động tiên tiến, Chi bộ Hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ năm 2018, Công đoàn vững mạnh.